Предсказание геномных энхансеров и их взаимодействия с промоторами генов
Старший научный сотрудник, направление «Вычислительная биология», Научный центр информационных технологий и искусственного интеллекта Университета "Сириус", Преподаватель курсов «Алгоритмы в биоинформатике» и «Сравнительная геномика»
Предсказание и аннотирование альтернативных стартов транскрипции, а также энхансеры в геноме курицы, активные в различных тканях.
Геномные энхансеры регулируют экспрессию генов эукариот. Недавно были достигнуты успехи по выделению энхансерных РНК, что позволяет анализировать активность энхансеров с помощью инструментов высокопроизводительного РНК-секвенирования, в частности, экспериментов кэп-анализа генной экспрессии (CAGE-seq). В настоящее время активно развиваются проекты по аннотации геномных энхансеров и энхансерных РНК, на основе, в том числе, и данных экспериментов CAGE-seq. Подходы, основанные на транскриптомных данных, чаще всего используют относительно грубые методы предсказания энхансеров, основанные на принципе кластеризации двунаправленных стартов транскрипции (DPI1) по расстоянию между сайтами меток CAGE и фиксированном фланкировании предсказанных районов (eRNA-DB, FANTOM). Таким образом, актуально более точное предсказание локусов энхансерных РНК на основе транскриптомных данных. Для более точного предсказания энхансеров были разработаны методы на основе скрытых марковских моделей (HMM) геномных последовательностей. Одним из последних методов, не зависящим от параметра порога, является eHMM.