Изучение механизмов биоремедиации в различных микробиологических сообществах с помощью подходов потокового моделирования

Разработка конвейера для автоматической реконструкции потоковых моделей бактерий, предусматривающего аннотацию геномов микроорганизмов, заполнение отсутствующих реакций метаболической сети и проведение оценки качества полученной модели. Планируется интегрировать разработанный конвейер в отечественную компьютерную платформу BioUML (Kolpakov et al., 2022) для дальнейшего построения моделей с различными комбинациями метанотрофов и хемолитотрофов.

Проект направлен на изучение потенциала микробиологических сообществ метанотрофов и хемолитотрофов с помощью методов биоинформатики и системной биологии, а именно потокового моделирования. В рамках этого проекта будет разработан конвейер для автоматической реконструкции потоковых моделей от геномной последовательности до микробиологического сообщества, в нем будут предусмотрены аннотация геномов микроорганизмов, заполнение отсутствующих реакций метаболической сети и проведение оценки качества полученной модели. Моделирование позволит провести анализ механизмов биоремедиации ключевых метаболитов, таких как метан (CH₄), углекислый газ (CO₂), нитраты, нитриты и перхлораты. Ожидается, что будут выявлены наиболее значимые в сообществе комбинации микроорганизмов для эффективной биоремедиации.