Исследование гетерогенности районов открытого хроматина на уровне клеточных субпопуляций на основании массового анализа single-cell ATAC-seq данных
Младший научный сотрудник, направление «Вычислительная биология», Научный центр генетики и наук о жизни Университета «Сириус»
Проаннотировать и проанализировать имеющиеся данные по открытому хроматину для отдельных клеток, полученные методом single-cell ATAC-seq (2000+ экспериментов) для 10 видов организмов: Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus, Gallus gallus, Danio rerio, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe и Arabidopsis thaliana.
Посколько упаковка ДНК и белок-хроматиновые взаимодействия представляют собой комплексную динамическую структуру, можно говорить о наличии высоковариабельных районов открытого хроматина, которые плохо детектируются методами, основанными на секвенировании клеточных популяций, ввиду гетерогенности рассматриваемых образцов. Новые экспериментальные технологии позволяют получать данные о регуляции транскрипции для отдельно взятых клеток. Планируется интегрировать данные scATAC-seq в базу данных GTRD. Будет проведено сопоставление результатов по отдельным клеткам с имеющимися в GTRD данными по открытому хроматину, а также интеграция и совместный анализ имеющихся данных по регуляции транскрипции. Таким образом будут получены новые знания о клеточной специфичности регуляции транскрипции на уровне единичных клеток.